O CAPI possui, atualmente, três microscópios confocais Zeiss (510 META, 880 e 5 LIVE) e dois microscópios de fluorescência (Nikon Eclipse e Zeiss Apotome), os quais podem ser usados para estudos e análises avançadas de microscopia de luz. Além disto, um aparelho de microdissecção a laser, um microscópio digital (scanner de lâminas) para digitalização de lâminas histológicas, outro de análise de géis, o Tyhoon FLA 9000 da GE e um leitor de fluorometria e microscopia, Cytation 5 Cell da Biotek